В начале 2006 года была завершена реорганизация группы компаний «Магнит», в результате которой ОАО «Магнит» стало холдинговой компанией группы обществ, занимающихся розничной торговлей через сеть магазинов «Магнит».

В апреле 2006 года компания провела IPO, большая часть вырученных средств направлена на развитие сети магазинов «Магнит» и разработку формата гипермаркетов под тем же брендом. В апреле 2008 года в рамках вторичного размещения Компания вышла на Лондонскую Фондовую Биржу. Средства, привлеченные в результате SPO, были также направлены на развитие сети «магазинов у дома», гипермаркетов, а также на усиление собственной логистической системы.

По неаудированным данным чистая выручка ОАО «Магнит» на 31 декабря 2009 составила 169,604.53 млн. руб. Количество магазинов сети «Магнит», по состоянию на 31 декабря 2009 года, составило 3228 (3204 «магазина у дома» и 24 гипермаркета.

Сеть «Магнит» не использует франчайзи, компания полностью самостоятельно управляет своими магазинами, что позволяет устанавливать и поддерживать единые стандарты качества во всей сети.

На 31 декабря 2009 года в компании действуют 58 филиалов, в которых по состоянию на 31 декабря 2009 года работает около 76 тысяч сотрудников. Благодаря использованию региональных распределительных центров ОАО «Магнит» удалось наладить эффективную систему логистики. В составе компании действуют 9 собственных распределительных центров, на которые приходится порядка 78% всего товарооборота.

Также компания располагает и собственным автопарком из 1453 машин, что позволяет снижать транспортные издержки и практически полностью исключать потери при транспортировке.

По состоянию на 31 декабря 2009 г. в ассортименте ОАО «Магнит» насчитывалось около 530 наименований товаров под собственной торговой маркой, что составляет 15,00% в ассортименте и 12,28% в общем объеме продаж.

Внедрена в компании и автоматизированная система управления товарными запасами, благодаря чему повышается их оборачиваемость.

ОАО «Магнит» является владельцем крупнейшей по числу магазинов и территории их покрытия сети в России, что позволяет осуществлять закупки на специальных условиях.